2008年3月以来，安徽省阜阳市出现手足口病(EV71感染)疫情，已造成22名儿童患者死亡。截至5月4日，全省累计报告手足口病(EV71感染)病例5840例。疫情虽呈下降趋势，但救治任务仍十分艰巨，疫区急需对症治疗的药品。
4月28日阜阳市食品药品监督管理局接到阜阳市人民医院递交的紧急申请后，立即向安徽省食品药品监督管理局请示。省局迅速开辟了“绿色通道”，简化办事流程，特事特办，4月29日就批准了配制申请，允许该医院在疫情期间暂时配制，要求其配制成品须经阜阳市药品检验所检验合格后方可临床使用。
与此同时，安徽省食品药品监督管理局立即向全省系统发出紧急通知，要求各级食品药品监管机构加强对防治手足口病相关药械监管工作，全力以赴做好防疫和救治患儿期间的药械安全保障工作，并立即组织人员，对辖区内药械生产、经营企业和医疗机构实施专项检查，加大对药械质量和购销渠道的检查力度，强化药械市场（包括医疗机构）巡查，加强中药材市场监管，严厉打击制售假劣药械和无证经营药械等违法行为。
按照省食品药品监督管理局的部署，安徽省各级食品药品监管部门迅速行动，采取有效措施，全力投入抗击肠道病毒EV71感染疾病疫情的斗争。
阜阳市食品药品监管部门对阜阳市部分批发企业抗肠道病毒EV71感染疾病药品质量、存储和药源性兴奋剂的管理情况进行了突击检查。对企业是否严格按照GSP要求经营、抗肠道病毒EV71感染疾病药品及奥运期间药源性兴奋剂的购进和销售是否合法等进行了重点检查，同时对药品库存数量进行了摸底。要求各药品经营企业在特殊时期严把药品质量关，强化企业的“质量第一责任人”意识，规范经营，诚信经营。
亳州市食品药品监督管理局针对疫情，启动快速反应机制，对辖区内重点药品经营企业和定点医疗机构进行突击检查。对治疗手足口病的中药饮片和抗病毒药物的购进渠道及药品质量进行了重点检查。同时配合市卫生局有效调度供给，确保市场需求。要求药品经营企业联系合法供货商，保证手足口病防治药物数量充足，质量稳定。
淮南市食品药品监督管理局对全市6个区的药品生产、经营企业特别是城乡接合部和农村药品市场进行监督检查，严查借机制售假劣药品的违法犯罪行为。对全市手足口病防治药品供应情况进行摸底调查，要求各企业做好药品储备，确保手足口病防治常用药品的供应，特别是丙种球蛋白等药品首先要保障供应。
太和县食品药品监督管理局着重检查了辖区内药品购进、经营以及使用情况。根据此次EV71肠道病毒多发于儿童的特点，该局加强了肠道系统用药、儿童用药和抗生素类药品的监督检查。为提高检查效率，最大限度地发挥药品检测车的技术优势，充分运用近红外检测、澄明度检测、信息查询等多种手段快速检验药品质量。